Utilisation de gaussian

Gaussian 09



Produit
Nom
gaussian 09 Rev A.02
 
Machines d'installation
ida
 
Description
Logiciel permettant de calculer les propriétés atomiques d'une molécule
 
 
Fonctionnement
Marche à suivre 
Gaussian s'utilise :
  • en intéractif sur ida  pour des exécutables ne dépassant pas 30 minutes
  • avec le système batch Loadleveler sur ida pour des exécutables dépassant 30 minutes.
Variables d'environnement à positionner
  • Initialisation de la variable g09root (fait par défaut):
    • Sur ida :
      • en bash, ksh : export g09root=/produits/g09
      • en csh : setenv g09root /produits/g09

  • Exécution d'un fichier de positionnement d'autres variables (fait par défaut):
      • en bash, ksh : . $g09root/g09/bsd/g09.profile
      • en csh : source $g09root/g09/bsd/g09.login
Vous pouvez consulter l'aide au positionnement des variables.
Lancement
  1. Création d'un fichier input pour gaussian :

    Soit trio.com, un exemple de fichier input.

    %chk=trio.chk                            Localisation et nommage du fichier scratch
%Mem=20MW                                Allocation de la memoire (par défaut 6MW)
#P HF/cc-pVDZ GFPRINT SCF=Tight          Route section : modèle...(finit par une ligne vide)

Thiophene                                Titre de la section (finit par une ligne vide)

0  1
S      0.000000    0.000000    1.198638
C      0.000000    1.243024   -0.010683
C      0.000000    0.715224   -1.272668
C      0.000000   -1.243024   -0.010683
C      0.000000   -0.715224   -1.272668
H      0.000000   -1.319531   -2.173349
H      0.000000   -2.283992    0.284349
H      0.000000    1.319531   -2.173349
H      0.000000    2.283992    0.284349

end of input


    Vous trouverez des informations sur la syntaxe des fichiers input de gaussian dans la documentation définie ci-dessous

  2. Exécution du programme :
    • En intéractif (pour une exécution < à 30 min) :
      • Sur ida
      Le logiciel gaussian étant installé uniquement sur ida, il faut se connecter sur ce noeud pour l'utiliser en interactif et soumettre la commande:
              g09 < trio.com > trio.log 

    • En batch :

      Voici un exemple de script de soumission de jobs : trio.g98 sur ida.

      ###################################################################
      #
      # Script de soumission de Gaussian 98 sur sgi32 et cluster
      #
      ###################################################################

      # Definition de la variable "jobname".

      jobname=trio

      ulimit -s unlimited

      # Creation d'un repertoire scr et copie des fichiers .com and .g98.

      GAUSS_RUNDIR=$HOME/gaussian
      if [ ! -a $GAUSS_RUNDIR ]; then
         mkdir -p $GAUSS_RUNDIR
      fi

      cp ./${jobname}.* $GAUSS_RUNDIR
      cd $GAUSS_RUNDIR

      # Initialisation de gaussian 09:
      # ==============================
      # Creation d'un repertoire scratch
      # Il est utilise pour les fichiers temporaires de Gaussian 98

      GAUSS_SCRDIR=${HOME}/gaussian/${jobname}
      if [ ! -a $GAUSS_SCRDIR ]; then
         mkdir -p $GAUSS_SCRDIR
      fi
      export GAUSS_SCRDIR

      # Definition de la localisation de Gaussian
      # Lancement du script d'initialisation et de g98.profile
      # A faire si cela n'a pas deja ete fait dans votre .profile

      # Pour une execution sur ida
      export g09root=/produits/g09


      . ${g09root}/g09/bsd/g09.profile

      # Lancement du fichier de commandes de Gaussian, trio.com, 
      # et redirige la sortie vers un fichier : trio.log

      g09 < $GAUSS_RUNDIR/${jobname}.com >$GAUSS_RUNDIR/${jobname}.log

      rm -Rf $GAUSS_SCRDIR



      • Sur ida :
        Pour soumettre un job qui utilise le logiciel gaussian, vous devez utiliser la classe gaussian : cela suppose que lors de votre demande d'ouverture de compte, vous ayiez spécifié que vous désiriez utiliser le logiciel gaussian. Si ce n'est pas le cas, vous pouvez nous contacter par l'intermédiaire de la Plateforme d'Assistance Informatique accessible à l'adresse :http://sos.di.u-psud.fr.
        Pour spécifier la classe gaussian dans le script de soumission, vous devez inclure la ligne suivante :           # @ class = gaussian                                                                                                                         et soumettre le job avec la commande:
        llsubmit trio.g09
 
Aide



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